Na 1500 sleept een opeenvolging van hertogen Nimmegen mee in conflicten en regelrechte oorlogen. De stad lijkt in de politieke arena vermalen te worden. Halverwege de 16de eeuw worden de Lage Landen ingelijfd bij het enorme Rooms-Duitse rijk van Karel V. Nimmegen als trotse rijksstad lijkt uitgespeeld. Karel V stelt een stadhouder aan die vanuit Arnhem de regio bestuurt.

In andere delen van West-Europa maken steden juist een culturele en wetenschappelijke bloei door. De klassieke oudheid, de cultuur van de Grieken en Romeinen, wordt herontdekt en is een bron van inspiratie. Mensen gaan anders kijken naar zichzelf. Dit wordt de Renaissance (hergeboorte) genoemd. Vanuit de machtige Italiaanse steden Florence en Siena verspreidt de Renaissance zich over West-Europa. Dankzij o.a. de uitvinding van de boekdrukkunst wordt ook de Nederlanden bereikt. Maar het lijkt of de culturele Renaissance aan Nimmegen voorbij gaat. Plaatselijke kunstenaars en schrijvers spelen er geen enkele rol in.

Nimmegen is meer een stad van religieuze instellingen. Maar er zijn moderne ontwikkelingen die wel omarmd worden en dan gaat het om nieuwe theologische inzichten over de eigen zielenheil en zelf keuzes maken. En meer aandacht voor het menselijk lichaam. De erg religieuze Karel V wil dat zulke ketterse ideeën te vuur en te zwaard bestreden worden. De Nimmeegse theoloog Petrus Canisius is het met hem eens en zet zich met hart en ziel in tegen de 'onwetendheid op geloofsgebied'.

Karel V en later zijn zoon Philip II van Spanje voeren steeds strengere wetgeving in om het 'ware geloof' beschermen. Via verordeningen (plakkaten) bepalen ze dat mensen van een ander geloof niet in hun rijk thuishoren. Boeken van hervormingsgezinden moeten verbrand worden. Gelovigen dienen een certificaat bij zich hebben waarin een pastoor verklaart dat ze katholiek zijn. 'Ketters' moeten vervolgd en gedood.

Wanneer Phillips II in de Nederlanden zijn plakkaten strenger wil gaan handhaven, is dat voor de protestantse elite in het noorden een reden om in opstand te komen. De tachtigjarige oorlog begint in 1568 en heeft voor deze streek grote gevolgen. Onder andere op de Mookerheide vindt tussen de Spaanse hertog Alva en opstandelingen een grote veldslag plaats. Duizenden soldaten laten daar in 1574 het leven.